学位授予单位（不含军队单位） 自主设置二级学科名单（截至2025年6月30日）
| 单位名称 | 一级学科名称 | 自设学科名称 |
| 中国水利水电科学研究院 | 水利工程 | 水环境学 |
| 水利工程 | 水信息学 | |
| 水利工程 | 水灾害与水安全 | |
天津大学 | 水利工程 | 海洋资源与环境 |
| 水利工程 | 岩土力学与工程 | |
河海大学 | 水利工程 | 城市水务 |
| 水利工程 | 水利水电建设与管理 | |
扬州大学 | 水利工程 | 流体动力与可再生能源工程 |
| 水利工程 | 水利土木工程材料 | |
| 水利工程 | 工程装备数字化制造理论与技术 | |
| 南京水利科学研究院 | 水利工程 | 智慧水利 |
| 水利工程 | 现代农业水利工程 | |
东华理工大学 | 水利工程 | 地下水科学与工程 |
中国海洋大学 | 水利工程 | 海洋能利用技术 |
| 济南大学 | 水利工程 | 地下水科学与工程 |
| 水利工程 | 水生态与水环境 | |
华北水利水电大学 | 水利工程 | 城市水务工程与管理 |
| 水利工程 | 生态水利与景观艺术 | |
郑州大学 | 水利工程 | 工程安全与防护 |
| 水利工程 | 水利信息技术 | |
武汉大学 | 水利工程 | 智慧水利 |
中国地质大学（武汉） | 水利工程 | 地下水科学与工程 |
| 中国地质大学（武汉） | 水利工程 | 水文气候学 |
三峡大学 | 水利工程 | 生态水利学 |
| 长江科学院 | 水利工程 | 水土保持工程 |
| 水利工程 | 流域水环境与生态 | |
| 长沙理工大学 | 水利工程 | 水利工程数学 |
| 水利工程 | 水利信息工程 | |
四川大学 | 水利工程 | 能源工程及电站动力系统 |
云南农业大学 | 水利工程 | 智慧水利 |
| 水利工程 | 环境岩土工程 | |
西安理工大学 | 水利工程 | 流域泥沙与生态水利 |
宁夏大学 | 水利工程 | 水资源利用与化学化工 |
| 水利工程 | 土水工程与计算科学 |
学位授予单位（不含军队单位） 自主设置交叉学科名单（截至2025年6月30日）
、 | 自设学科名称 | 所涉及一级学科（排名不分先后顺序） |
| 中国地质大学（北京） | 健康地学 | 环境科学与工程、水利工程、地质学、地质资源与地质工程、公共管理学 |
| 天津大学 | 风能工程 | 机械工程、电气工程、土木工程、水利工程、船舶与海洋工程 |
| 城市景观水文与生态工程技术 | 水利工程、环境科学与工程 | |
大连理工大学 | 流域海岸环境生态科学与工程 | 水利工程、土木工程、环境科学与工程 |
| 河海大学 | 人工智能 | 计算机科学与技术、信息与通信工程、水利工程、土木工程、地质资源与地质工程 |
| 新能源科学与工程 | 电气工程、水利工程、力学 | |
| 移民科学与工程 | 社会学、水利工程、环境科学与工程、测绘科学与技术、管理科学与工程 | |
| 低空技术与工程 | 信息与通信工程、机械工程、计算机科学与技术、水利工程 | |
中国海洋大学 | 海洋机电装备与仪器 | 海洋科学、机械工程、控制科学与工程、水利工程 |
华北水利水电大学 | 资源与环境遥感 | 地质资源与地质工程、水利工程、数学 |
华北水利水电大学 | 智慧水利 | 水利工程、数学、地质资源与地质工程 |
| 智能防灾与应急管理 | 水利工程、地质资源与地质工程、管理科学与工程、数学 | |
| 水安全管理与公共政策 | 管理科学与工程、水利工程、地质资源与地质工程、数学 | |
| 水安全科学与管理 | 水利工程、管理科学与工程、地质资源与地质工程 | |
| 智慧能源工程 | 水利工程、数学、管理科学与工程 | |
| 生态水利 | 水利工程、管理科学与工程、数学、地质资源与地质工程 | |
中国地质大学（武汉） | 健康地学 | 环境科学与工程、水利工程、地质学、管理科学与工程 |
| 长安大学 | 土地工程 | 环境科学与工程、水利工程、测绘科学与技术 |
西北农林科技大学 | 水安全科学与管理 | 水利工程、农业工程、农林经济管理、农业资源与环境 |
